J'ai longtemps eu un problème de pointeur de souris avec Uubntu gutsy. Impossible de changer sa couleur, sa taille etc. par le menu système / préférences / apparence / Thème / Personnaliser / Pointeur.
Le problème venait de compiz-fusion (activé par défaut). Il faut au préalable installer le paquet compizconfig-settings-manager. Pour changer le pointeur, il faut aller dans General options et mettre dans cursor directement le nom du thème désiré (ex : redglass). Vous pouvez aussi changer la taille du pointeur.

Je ne savais non plus que le module de compiz viewport switcher permettait de faire pivoter le bureau 3D en cube à l'aide du 3° bouton de la souris (sous la molette, merci à la famille de Stéphane :) . Ca évite de devoir appuyer simultanément sur les touches du clavier ctrl + alt. On peut même désactiver la fonction switcher entre les bureaux avec cette même roulette (ce qui peut être gênant quand on a pas l'habitude) en allant dans l'onglet Actions puis dans Desktop based... Pour supprimer le bouton de la souris pré configuré, il faut appuyer sur la touche backspace.

Voilà !